Волосяной покров тонкий и короткий. Шерсть шелковистая, местами жесткая, плотно прилегающая к коже. В большинстве клубов и питомников стандартным считается рыжий окрас шерсти, однако, также допускаются все оттенки рыжего, и оттенки в диапазоне от цвета загара до каштанового. Допускаются белые отметины на груди, ногах, кончике хвоста, в центре лба и на переносице. Отметины на задней части шеи, по бокам или на спине являются отклонениями от стандарта породы и недопустимы. Глаза фараоновой собаки всегда янтарного цвета и должны сочетаться с основным окрасом. Щенки рождаются с голубыми глазами, но, по мере взросления, цвет глаз меняется на светло-золотой или жёлтый и затем темнеет по достижении собакой зрелого возраста. Нос, усы, когти, подушечки лап и обводка вокруг глаз должны быть того же цвета, как и основной окрас шерсти.
Уникальная особенность породы: когда собака возбуждена или радостна, её уши и мочка носа становятся ярко-розовыми.